一是计息付息方式不同。凭证式于购买当日起息，到期一次还本付息，不计复利，逾期不加计利息;电子式于发行期首日起息，按年付息，如果把每年收到的利息再投资国债或理财产品等，电子式国债到期总收益高于同期限凭证式国债。目前，最新发行的储蓄国债利率为三年期4.0%，五年期4.27%。
二是购买和兑付的程序不同。从购买程序看，凭证式国债持现金或个人银行存款到商业银行网点即可购买，无需开户;电子式需开立个人国债账户并指定对应的资金账户后，通过柜台或网银购买，对选择网银或一次开户后多次购买的客户更为便利。从兑付程序看，凭证式须持国债收款凭证前往柜台办理兑付;电子式到期无需前往柜台办理，本息资金自动划入投资者资金账户，逾期按活期利率加记利息。
三是债权记录方式不同。凭证式国债填制统一制式的“收款凭证”，购买人自行保管。根据财政部公告〔2016〕120号，自2017年起发行的凭证式国债更名为储蓄国债(凭证式)，并启用新版“收款凭证”，请广大投资者注意甄别。储蓄国债(电子式)采用电子方式记录投资者拥有的储蓄国债明细债权，没有纸质凭证，可以通过电话复核查询债权。
电子式国债的弊端
只能通过网络渠道购买，对于年龄偏大、不熟悉网银操作的客户来说购买有难度;
只能是个人投资者购买，机构投资者不能购买;
没有纸制债权凭证，债权查询的话主要是用网银查询;
采用实名制购买，不可以流通或转让
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